Medicamentos manipulados são aqueles preparados diretamente na farmácia, pelo profissional farmacêutico, a partir das fórmulas inscritas no Formulário Nacional reconhecidos pela Anvisa, ou ainda a partir de uma prescrição de profissional habilitado, que estabeleça em detalhes sua composição, forma farmacêutica, posologia e modo de usar. 

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Vale ressaltar que na manipulação existe a possibilidade de associações de princípios ativos, já que muitos pacientes portadores de doenças crônicas precisam tomar vários medicamentos por dia. O rótulo personalizado evita trocas de medicamentos e hoje em dia, em alguns casos, o paciente pode escolher o formato do medicamento em cápsulas, xarope, sachês, shakes, entre outros. O comprador também pode optar pela cor desejada de cápsulas e ainda a adição de sabores especiais.